6.49. При компиляции некоторых портов выдается сообщение о необходимости иметь perl, хотя он есть в системе как /usr/bin/perl.

Дело в том, что системный интерпретатор /usr/bin/perl как правило, более старой версии. Вам нужно проинсталлировать пакет обновлений для вашей системы либо, установив последнюю версию Perl, сделать символическую ссылку.

Для сценария конфигурации configure бывает достаточно указать переменную окружения, например, _PATH_PERL=/usr/local/bin/perl5.005002