Плюс пакаджей - простота установки. Их минус - они не
всегда работают правильно (такое было с S/Key в sudo, dhcpd
от ISC, squid). Более правильно ставить дерево портов,
регулярно производить его обновление через CVSup и
компилировать всё нужное самим. Кстати, при этом можно
выявить ошибки, сделанные при создании порта и сообщить об
этом в соответствующие органы через send-pr(1). При
построении приложений через ports нужно не забыть делать
CVSup и для /usr/share/mk/ - там находятся make-файлы,
необходимые для компиляции порта.